1、有机肥留于土壤的有害物质

    有机肥若没有经过无害化处理，直接施入土中，尤其是粪肥，其中未消化食物可能成为病菌毒素培养地，还可能有各种病原（病菌、病毒、真菌、寄生虫卵）、有害微生物、残留抗生素等。

2、化肥污染物

    化肥中主要是重金属。尤其是磷肥，其中有镉等有毒物质。若作物吸收了这些有害物质，会直接或者间接危害人类健康。尤其蔬菜中的叶菜类吸收最多。

3、肥料施用不当污染

    正常施用，大部分情况下是没有污染物的。但是若施肥不科学，如过量施肥，可能导致作物吸收营养过富，导致物质变质，积累多了就成了污染物。未无害化处理化肥，肥料中部分物质会黏着在作物上，若清洗不得当，则进入下一轮污染。

4、环境遭受污染

    作物收到一个是化学污染，一个是生物污染。而环境也有可能遭受污染，如水体污染、空气污染、土壤污染等。尤其是对水源的污染，土壤中一些富足的，流动性较强的元素，可能在流动中发生反应，变质。若人畜误引用，长期可能危害人体健康。

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